Как само заболевание (эпилепсия), так и его лечение может вызывать целый ряд гормональных изменений в организме женщины. Прием некоторых антиконвульсантов приводит к повышению синтеза белка, связывающего половые гормоны, и снижению свободной фракции мужских и женских половых гормонов (тестостерона и эстрогенов) в крови. Активация ферментов печени (осуществляющих метаболизм половых гормонов) при приеме некоторых АЭП может привести к увеличению скорости выведения гормонов из организма. Повышение уровня пролактина после приступов, особенно при их высокой частоте, может оказывать влияние на гипоталамо-гипофизарную систему и нарушать менструальный цикл.

Наконец, при эпилепсии возможны психологические изменения и нарушения социальной адаптации, особенно, при приступах, трудно поддающихся лечению и начавшихся в раннем возрасте.